Dans un grande majorité des cas, l'examen est parfaitement bien toléré.
Parfois une sensation d'inconfort ou de distension abdominale est possible
(du fait de l'ingestion d'air).
Les autres complications, quoique décrites, sont exceptionnelles :
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hypoxémie (par fausse-route de l'endoscope dans la filiale aérienne).
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troubles du rythme cardiaque (disparition au traitement endoscope).
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perforation : quoique rarissime, elle a été décrite principalement
en cas d’anomalie morphologique ou de lésion macroscopique ayant nécessité
un geste important.
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Suffusion d'air sous la muqueuse avec pneumopéritoine et pneumo médiastin
sans perforation évidente.
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Pneumopathie d'inhalation.
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Bactériémie.
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